大棚內的蔬菜會需要很多的養分，但是在蔬菜施用化肥時，應該避免化肥濃度過高，如果濃度大會讓蔬菜有著不好的影響。
配合施用化肥為了避免高鹽分危害反季生長的蔬菜，可將有機肥與無機化肥配合施用，但化肥的施用量不能過多、濃度不宜太大。如果棚土水分不足，施肥后，棚土內肥料濃度大，引起蔬菜細胞內水分反滲透，造成蔬菜脫水，往往使蔬菜出現萎蔫。輕者影響蔬菜的正常生長發育，重者造成反季菜的脫水型肥害而死苗。一般生長期短或以根、莖、葉為收獲物的蔬菜，可用1/3-1/2的氮肥，全部的磷、鉀肥及微肥作基肥。剩下的氮肥作追肥，在蔬菜生長盛期分次施用。而瓜果類的反季蔬菜可把1/3氮肥，2/3磷鉀肥和全部微肥作基肥施用，其余的氮肥、磷鉀肥分次作追肥施用。也可利用尿素、磷酸二氫鉀進行葉面噴施，提高利用率，也可減低化肥直接施入土壤，而帶來的鹽分大量增加。