在農作物種植時很多人都選擇使用農藥或者肥料給作物拌種，以減少病蟲害，中藥材種植時同樣也有人采用這種方法，其實在在種植時用肥料拌種有很多好處，但要注意有幾種肥料是不適合拌種用的：
一、含有毒害作用的肥料
主要是農作物生產中使用多的尿素。尿素在農作物生產過程中，常生成少量的縮二脲，該物質的含量超過2％，對種子和幼苗就會產生毒害。另外，含氮量高的尿素分子也會透入藥材種子的蛋白質分子結構中，使蛋白質變形，影響種子的發芽。
二、含有腐蝕作用的肥料
如碳酸氫銨和過磷酸鈣。若用此類化肥作中藥材栽培時的種肥，對種子的發芽和幼苗都會產生嚴重危害。若土質差，一定要此類肥料，可將其施在溝下或底層，上面覆蓋一層細土后再撒播藥材種子；也可將過磷酸鈣與土雜肥混合均勻后施用。在種植中藥材時應避免此類化肥與藥材種子的幼苗直接接觸。
三、含有害離子的肥料
一類是氯化鉀、氯化銨。此類化肥含有氯離子，施入后會產生水溶性的氯化物，對種子發芽和幼苗的生長不利。另一個類是硝酸銨、硝酸鉀。因含有硝酸根離子，對種子發芽影響很大。
上述的這三種肥料是對中藥材種子有一定的危害的，所以一定要在選擇肥料的時候一定要考慮這些因素。