室內種菜，用肥是個很重要的問題，專家指出，由于棚室菜地施肥量大，冬春季節封閉得嚴，且氣溫低、光照弱，蔬菜體內硝酸還原酶活性低，容易積累硝酸鹽。如何通過追肥減少蔬菜中硝酸鹽的積累，是無公害蔬菜施肥應注意的問題：
1、禁止施用硝態氮肥。如硝酸銨、硫銨、硝酸磷鉀、硝酸磷、硝酸鉀以及含硝態氮的復混肥，施用后容易使蔬菜積累硝酸鹽。因為人體攝入的硝酸鹽80%來自蔬菜，硝酸鹽在還原條件下，轉化為亞硝酸鹽，亞硝酸鹽與人體腸、胃中的胺類物質合成致癌物質——亞硝胺，導致胃癌、食道癌等多種癌癥和糖尿病以及血液中毒和腦、心等器官缺氧，致使呼吸困難，發悶甚至死亡。
此外，不宜施含氯化肥如氧化鉀、氯化銨等，氯離子能降低蔬菜的淀粉及糖含量，使品質變劣，產量降低，而且殘留于土壤中易造成土壤脫鈣，引起板結。如硫酸鎂、硫酸銨等肥料，施入土壤中，分解出的硫酸根離子，不易被蔬菜吸收而留在土壤中，危害蔬菜生長。禁止施用碳銨，因易揮發大量氨氣，易引起氨害。
2、控制氮肥施用量。氮肥是蔬菜生產中不可缺少的肥料，但不能過量施用。要使蔬菜達到國家和國際規定的無公害標準，必須降低蔬菜中的硝酸鹽含量。要減少氮肥的施用量，應根據不同蔬菜需肥量而定，一般每畝以10-12公斤純氮為宜，氮肥要深施，并要與磷鉀肥配合施用或施用三元復合肥，施后要及時蓋土，采用化肥插管滲施或結合膜下滴灌施入根部，減少流失，提高利用率，收獲前20天停止追施。
3、施用生態有機肥。利用畜禽糞便經過發酵生產的生態有機肥。如果有針對性地配以不同元素，便會形成系列專用肥。生態有機肥有機質含量可達45%，對蔬菜能起到固氮、解磷、解鉀的作用，還能分解農藥及化肥的殘留物質。生產一噸生態有機肥，如用鮮雞糞2-2.5立方米，秸稈粉0.2-0.3噸，玉米面5公斤，多維復合酶菌菌種8公斤為原料。先將雞糞與秸稈粉摻合對水，用手捏成團，手指縫有水，但不滴水，松手即散，含水量達到45%為宜，然后，添加玉米面和多維復合酶菌，再進行混合摻勻，不留生塊。隨即堆成堆，上面覆蓋保溫膜。春夏秋5-6天即可發酵成熟，冬季需要7-10天成熟。一般堆1-3天，堆內溫度上升到80攝氏度，以殺死大腸桿菌和蟲卵，便可消除雞糞的臭味，以后堆肥變松散、干爽，長滿白色菌絲，兩天后即可發出一種酒曲香味。堆肥成熟后，稍加晾干便可施用。此外施用生物有機復合肥、腐殖酸類肥料，改良土壤，增加肥力，給無公害蔬菜生長創造良好環境。
4、實施配方施肥 根據不同蔬菜的需肥特點和土壤供肥狀況，確定氮、磷、鉀及微量元素的適宜用量與相應的施肥技術。據有關部門研究結果表明，大棚蔬菜對氮、磷、鉀的需求期分別為：黃瓜在種植后75-140天，番茄在30-52天，甜椒在30-60天。化肥(氮、磷、鉀)施用比例為黃瓜1:0.67:1.83，番茄為1:0.38:1.75，甜椒為1:0.38:1。蔬菜對微量元素雖說需要極少，但必不可少，使用微肥葉面噴灑，應把好用量標準。如硫酸亞鐵為0.1%-0.3%，硫酸外為0.05%-0.2%，硼砂為0.3%-0.5%，鉬酸銨為0.02%-0.05%，硫酸銅為0.02%-0.04%，可結合防病噴波爾多液，既治病又增肥力。或噴時加尿素0.1%-0.4%，磷酸二氫鉀0.2%-0.3%。注意葉菜不要葉面噴肥，以免增加硝酸鹽含量。不宜多施磷酸二銨，一般蔬菜需大量的氮和鉀，需磷較少，在開花前后需鉀多，以后逐漸減少。
5、限制使用激素。有些菜農不講蔬菜的品質，為了追求高產、早熟、早上市，施用赤霉素(920)、乙烯利、多效唑等激素催長、催熟，大大降低了蔬菜的品質，人們長久食用對身體健康極為不利。