菌肥也是現在大家使用較多的一類肥料，但由于地區環境條件和人為因素的各種影響，很多時候菌肥并沒有達到預期的效果，那這是什么原因呢？下面就給大家介紹一下。
土壤菌肥不匹配。土壤有酸堿之分，有機菌肥也有pH值，菌又有真菌、細菌之分。中性和微酸性土壤宜施細菌性有機菌肥，堿性土壤宜施絲狀微生物的藻類有機菌肥，施用后能固定空氣中的氮，幫助作物利用以其他狀態存在的氮素養分。酸性土壤施了堿性有機菌肥，酸堿中和降低了肥效，也使菌種受到傷害。有些菌是需氧性很強的菌種，如放線菌、霉菌類等，含有這類菌種的菌肥施在板結、透氣性差的土壤中，別說發酵繁殖，菌種本身都難以成活，施肥效果可想而知。
土壤理化性狀惡化。菌肥中的菌種賴以生存的條件是有機質，但當前80%以上的果園、大田、菜地等都在施用無機化肥，土壤板結透氣性差，使得一些厭氣菌大量繁殖，如鐮刀菌、齊整小核菌等。更嚴重的是有機肥極度缺乏破壞了土壤的團粒結構，降低了土壤的保肥保水能力。果農施商品有機菌肥一般每畝都在40公斤左右，有機質很快被分解利用，有機肥中的菌種失去賴以生存的條件，不能繁衍生存，大部分死亡，這也是果農在施用商品有機菌肥中發現的地厚施有機菌肥有作用而地薄無作用的道理。
對菌種不了解。菌肥作為一種新型肥料，對農民來說是個盲區。每種菌肥有它獨特的屬性和作用，果農要不斷學習。如同為芽孢桿菌，球狀芽孢桿菌、乳狀芽孢桿菌是細菌殺蟲菌，后者更長效；枯草芽孢桿菌是真菌，能有效防治根系周圍的真菌，使作物免受侵害；地衣芽孢桿菌是細菌性防病菌；EM菌抗重茬。
施用溫度和方法不對。低于5℃菌種不能發酵繁殖，高于35℃菌種會被燒死，所以，地溫5℃-35℃內施用菌肥才有效。有機菌肥單獨施用，不要和大化肥（氮、磷、鉀）混合施用。正確的施肥方法應該是采取放射性溝施，挖30厘米寬、25-35厘米深的溝，先施入大化肥，填一層10厘米左右的土，再施菌肥。這層隔離帶減少了大化肥水溶下滲后殺死菌種的機會。
土壤中有機物不足。土壤中有足夠的有機物或腐殖質時才能被微生物菌利用，進而使土壤微生物快速繁衍，激活營養元素。以果園為例，可以進行生草制，即草長15厘米不到20厘米時割刈，一年反復進行覆蓋地面，兩年全園普翻一次，提高果園腐殖質的含量；3-5年施一次發酵好的牛、豬、羊、雞、兔等家畜禽糞，為有機菌肥中菌種的發酵繁殖提供充足的基質。這樣不僅為果樹生長提供中、微量元素，還可以減少小葉、黃葉等生理病害的發生。
以上就是菌肥效果不好可能的一些原因，大家在施用的時候，可以參考以上可能的原因，因地制宜，科學地進行判斷處理。