子蓮需肥量大，生育期長，一般從4月初發苗，到11月才枯荷，應分批多次施肥才能滿足其高產需要。如果在生長過程中施肥量不足，或為節省勞動力，采用一次或少量幾次施肥，或偏施氮肥等，必然導致低產。那子蓮田該如何施肥呢？
子蓮的基肥 基肥以充分腐熟的有機肥為主，在春季栽植前結合土地的耕翻施入，也可在冬前耕翻土壤時施入，一般每畝施綠色或豬牛糞2500～3000千克加生石灰40～60千克，并可施入鈣鎂磷肥40～50千克（A級綠色食品子蓮生產時，或施以過磷酸鈣），硫酸鉀10～15千克。或餅肥150～200千克加過磷酸鈣50～60千克。
子蓮的追肥 在施足基肥的基礎上，追肥應掌握“少吃多餐，配方施肥”和“輕施苗肥，適施初花肥，重施花蓬肥，巧施后勁肥，增施磷鉀肥，補施鋅硼肥”的原則。
苗肥：要早熟，當植株長出1～2片立葉時，就可進行追肥，但追肥量要少，每畝可施腐熟的人畜糞肥400～500先。進行A級綠色食品子蓮生產時，或每畝施尿素4～5千克、過磷酸鈣7.5千克、硫酸鉀2.5千克。施肥時要放淺水，人畜糞肥可撒施，無機（礦質）肥料可與3～4倍細土拌勻后撒施或點施于植株的周圍。
始花肥：5月下旬，當田間出現少數花蕾時，即可開始追肥，這次追肥量可比次的追肥量增加40％～50％，每畝施腐熟人畜糞肥700～1000千克。進行A級綠色食品子蓮生產時，或每畝施尿素7～10千克、過磷酸鈣12～15千克，并施硫酸鉀5～6千克，加適量硼、鎂、鋅等微量元素肥料拌勻施用。
花果肥：6月上中旬至7月中下旬是蓮子旺盛期，養分消耗大，該時期追肥量要重，一般從6月上旬開始每隔15天追肥一次，每次每畝施人畜糞肥800～900千克，或尿素7～8千克、復合肥15千克、氯化鉀3～4千克，并加適量微量元素拌勻撒施（或與15～20千克粉碎的餅肥混合均勻），于露水干后在蓮葉下撒施，促進蓮子發育。
后勁肥：為防止子蓮后期脫肥早衰，增加子蓮后期產量，在8月上中旬補施一次氮肥，每畝用尿素5～6千克、硫酸鉀2～3千克。進行AA級綠色食品子蓮生產時，每畝可施腐熟人畜糞肥500千克左右。如果荷葉生長較為旺盛，也可少施或不施這次肥，反之則應適當多施一些。
根外肥：施好根外肥，可以彌補根系吸收養料的不足，如用0.3％～0.5％的磷酸二氫鉀進行葉面噴施，也可將鋅肥、硼肥等微量元素肥作為葉面肥配液進行施用。要盡量將含肥溶液噴施在幼嫩的莖葉上，并且葉子的正、反面都要噴施，一般在無風的傍晚進行噴施。
注意事項 鈣可明顯提高子蓮成花率和結實率，特別是冷浸田，施用生石灰蓮田比不施的顯著增產。另外，每畝蓮田補施鋅、硼肥各1.5千克，也有明顯的促花保籽作用。在追肥時期上應注意，采收藕帶的可提早施肥，不采收藕帶的應推遲施肥。氣溫沒有穩定通過20℃不利于花芽分化，過早施肥常造成無花立葉多，當氣溫穩定在20～25℃時，花芽大量分化，這時施肥有利于促花成花，因此，生產上一般把大量（60％）的肥料推遲到7月中旬以后施用，有利于高產。
在5月下旬至6月份，若蓮葉過分密集，肥大，色濃綠，而花苞少，則應停止追肥，或不用肥而改用有機肥，以使之穩健地生長。