必要元素的添加不能取代微量元素的特色，在棉花生長過成中，微量元素對棉花的生理起著無法代替的作用及功效。
如錳對改善葉片光合作用效率、提高種子活力，增加植株抗病能力等具有重要的作用。在實際生產中，部分棉農長期側重于氮、磷、鉀肥的施用，忽視了微肥的應用，導致棉花生產嚴重缺乏微量元素，影響了棉株生長和棉花產量及品質，以下介紹鋅、硼、錳三種微肥的施用方法。
鋅肥以基施結合葉面施肥為好，一般畝施“禾豐顆粒鋅”150-300克或“大粒鋅”200-400克，播種整地前與復合(混)肥或細土拌勻后撒施、條施或穴施，也可和一定量的土拌勻，在棉花制缽前直接施于苗床缽土中，或在棉花移栽時與安家肥拌勻施用，以緩解棉花生長過程中土壤鋅含量的不足。有滴灌條件的農田，可在苗期至花鈴期滴灌50-100毫升/畝.次“禾豐鋅”。在棉花蕾期或開花結鈴期可葉面噴施鋅肥，以增加外圍桃，延長功能葉的壽命，增加衣分，提高產量和改善品質。葉面可噴施“禾豐鋅”3000-6000倍溶液，期噴施2-3次。
硼肥可以基施，也可用于根外噴肥。一般基施方法較為簡便、省工。每畝用“禾豐顆粒硼”200-400克，或用“大粒硼”200-400克，在棉花制缽前與其他基肥一起施入，或在棉苗移栽時與化肥一起施用，也可直接與其他基肥在播種前一起施用。葉面施肥用“禾豐硼”800-1000倍溶液，分別在棉花蕾期、初花期、盛花期噴施3次，如果土壤肥力較低，每次每噴硼時加0.1-0.5%尿素效果更佳。鉀\硼配施具有相互增效的作用，在噴施禾豐硼的時可加入“磷鉀動力”800-1000倍液體，也可用“金甲朋”800-1000倍溶液。
錳肥一般采用葉面噴肥或拌種的方式，葉面施肥可用“禾豐錳”2000-3000倍溶液，分別在棉花蕾期、初花期、盛花期噴施2-3次，拌種可使用200-300倍溶液拌種。試驗證明，錳肥拌種對提高種子發芽率明顯的促進作用，并具有防止植株早衰、提高棉花果枝數、增強植株光合效率等作用。