進入農資市場，有機肥到處都是，而且農民也很信賴這種肥料，這些商品有機肥主要用于經濟作物的生產田，而糧食作物的生產田很少施有機肥。據考察，從北方到南方的蔬菜、果樹有機肥的用量每畝少則3~5噸，多則10~20噸。可想而知，有的老菜地出現了次生鹽漬化等土壤質量下降的問題。所以，應該全面了解有機肥的特性和合理施用。
在現代可持續農業種植中，合理施用有機肥對于實現高產優質和可持續發展都有很好的作用。但是，目前中外各國都發展了有機肥與化肥配合施用，以達增產增收又可培肥土壤的目的。有機肥優點是含養分種類多、具有各種大量和微量營養元素的完全肥料，并含有維生素等活性物質。合格的有機肥含有大量的有機物，常年施用有機肥能使土壤有機質得到更新或提高，改善理化性狀，起到明顯的改土作用。但其養分含量低，有機態的養分要經過土壤微生物逐步分解，才能轉化成植物可以吸收的養分。
以畜禽糞尿類有機肥來說，這類有機肥目前數量很大，隨著畜產品生產的快速發展而增長極快。如果重視不夠，不花大力氣去抓緊對畜禽糞便的科學施用，其后果將是嚴重的。那不僅使蔬菜果樹以及煙葉、茶葉、馬鈴薯等眾多經濟作物失去一類價廉物美的肥料資源，而且影響到它們的產量和品質，還將造成農業居民區環境惡化，不利于新農村的文明建設。因此，首當其沖地要在經濟類作物生產中充分而合理地施用糞尿類養分資源，進而把它們推向大田糧食作物生產中。另外，糞尿類有機肥的主要特點是碳氮比比較窄，一般C/N比值在6～10之間；而一株成熟而風干的玉米秸稈的C/N比為80∶1。由此可見，大量施用糞尿類有機肥可以部分替代化學肥料對作物的氮磷養分供給，完全可減少化肥的施用量。但是，大量施用糞尿類有機肥對于土壤的作用，主要是促進有機質的循環與更新，而對于土壤有機質的提高則沒有貢獻。因此，糞尿類有機肥應主要用在新菜地、新果園等，而對于老菜地土壤來說，大量長期施用，還會導致土壤微生物活性變差等問題。因此，在現代集約型經濟作物栽培體系中，糞尿類有機肥的科學施用要注意：
其一，不能施用生糞，必須腐熟和經過堆制轉化。要將大量分散的原生糞尿堆制成合格的有機肥，不僅需要技術，更需要勞動力。在當前農村壯勞力很缺乏的條件下，人們可隨處見到生糞起出后，數月甚至半年堆積在路邊與村頭，任其日曬雨淋，造成糞尿類肥料的氨氣揮發和氮鉀養分的流失和蟲卵病菌傳播的嚴重現象。等到了生產用肥的時候，就直接上到地里。這種現象應該改變。
其二，適量施用的原則。控制糞肥用量的做法，在歐盟國家已經提出了控量施用的規定。以英國為例，將施用量定在170公斤（氮）/公頃之內。然而，近年來我國部分地區的蔬菜和果園生產中，每畝糞肥的施用量平均達到2噸以上，有的菜地還達10噸，這樣盲目而普遍超高的糞肥施用量，造成了菜地養分富集和水體污染的形勢。由于糞肥富含有機氮其分解的終產物也是硝酸鹽，同樣對水體和環境可能產生污染，糞肥還可能有重金屬超標等問題。
因此，我國在高投入集約化經濟作物生產中，也應該應用測土配方施肥的技術，同時規范有機肥和化肥的施用量。提倡在有機肥與化肥配合施用時，二者適宜的供氮量比例以各占一半為佳。
對于高投入高產出的經濟作物的施肥原則，在養殖業日趨發達的今天，尤其要注意糞肥的控量施用，這是科學合理的。應該將超量產出的糞肥向糧食生產的大田施用，那將有利于我國糧食生產的可持續發展和減少部分農田的有害氣體排放。
其三，糞肥的制作除了發酵轉化以外，還要調節碳氮比，添加秸稈的成分，加寬碳氮比，提高糞肥的改土功能。