有機肥主要來源于植物和（或）動物施于土壤以提供植物營養為其主要功能的含碳物料。經生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消除了其中的有毒有害物質，富含大量有益物質。
有機肥它包括：多種有機物質、肽類以及包括氮、磷、鉀在內的豐富的營養元素。不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分。
廣義上的有機肥：俗稱農家肥，包括以各種動物、植物殘體或代謝物組成，如人畜糞便、秸稈、動物殘體、屠宰場廢棄物等。
生物菌肥（微生物肥料）是以微生物的生命活動導致作物得到特定肥料效應的一種制品，是農業生產中使用肥料的一種。其在我國已有近50年的歷史，從根瘤菌劑--細菌肥料--微生物肥料，從名稱上的演變已說明我國微生物肥料逐步發展的過程。 長期以來，社會上對微生物肥料的看法存在一些誤解和偏見。
一種看法認為它肥效很高，把它當成肥料，甚至揚言可以完全取代化肥；
另一種看法則認為它根本不是肥料。
其實這兩種都是偏見。國內外多年試驗證明，用根瘤菌接種大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，確實有增產效果，合理應用其它菌肥拌種或施用微生物肥料，對非豆科農作物也有增產效果，而且有化肥達不到的效果。因此，我們認為它是肥料，又與傳統化肥和有機肥在概念和內涵上不同。
微生物肥料是活體肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活動來完成。
只有當這些有益微生物處于旺盛的繁殖和新陳代謝的情況下，物質轉化和有益代謝產物才能不斷形成。
因此，微生物肥料中有益微生物的種類、生命活動是否旺盛是其有效性的基礎，而不像其它肥料是以氮、磷、鉀等主要元素的形式和多少為基礎。正因為微生物肥料是活制劑，所以其肥效與活菌數量、強度及周圍環境條件密切相關，包括溫度、水分、酸堿度、營養條件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影響，因此在應用時要加以注意。
作為化肥的替代品，有機肥與生物菌肥是有機農業和綠色農業的基礎之一，由于兩者各有不足，目前已經出現并迅速推廣一種兼有兩者優點的肥料--生物有機肥：
生物有機肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。
生物有機肥的優點：
1、生物有機肥與化肥相比：
1） 生物有機肥營養元素齊全；化肥營養元素只有一種或幾種。
2） 生物有機肥能夠改良土壤；化肥經常使用會造成土壤板結。
3） 生物有機肥能提高產品品質；化肥施用過多導致產品品質低劣。
4） 生物有機肥能改善作物根際微生物群，提高植物的抗病蟲能力；化肥則是作物微生物群體單一，易發生病蟲害。
5） 生物有機肥能促進化肥的利用，提高化肥利用率；化肥單獨使用易造成養分的固定和流失。
2、生物有機肥與精制有機肥相比：
精制有機肥是畜禽糞便經過烘干、粉碎后包裝出售的商品有機肥。
1）生物有機肥完全腐熟，不燒根，不爛苗；精制有機肥未經腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，會引起燒苗現象。
2）生物有機肥經高溫腐熟，殺死了大部分病原菌和蟲卵，減少病蟲害發生；精制有機肥未經腐熟，在土壤中腐熟時會引來地下害蟲。
3）生物有機肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效應，減少病害發生；精制有機肥由于高溫烘干，殺死了里面的全部微生物。
4）生物有機肥養分含量高；精制有機肥由于高溫處理，造成了養分損失。
5）生物有機肥經除臭，氣味輕，幾乎無臭；精制有機肥未經除臭，返潮即出現惡臭。
3、生物有機肥與農家肥（傳統有機肥）的區別：
1）生物有機肥完全腐熟，蟲卵死亡率達到95%以上；農家肥堆放簡單，蟲卵死亡率低。
2）生物有機肥無臭；農家肥有惡臭。
3）生物有機肥施用方便，均勻；農家肥施用不方便，肥料施用不均勻。
4、生物有機肥與生物菌肥的區別：
1）生物有機肥價格便宜，每噸在1000多元左右；生物菌肥價格昂貴，每噸上萬元。
2）生物有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤促進被土壤固定養分的釋放；生物菌肥只含有功能菌，通過功能菌來促進土壤固定肥料的利用。 3）生物有機肥的有機質本身就是功能菌生活的環境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不適合有的土壤環境。