專家調查結果表明，近兩年來的四月雨水和風多一些，棉茬小麥出現不同程度倒伏，導致產量和品質下降。究其原因，除了田間漬水外，很大程度上與前茬棉花施肥料較多有關。現在生產上多選用雜交棉或雜交抗蟲棉品種，農民增加了肥料用量，特別是花鈴肥用量。棉花收獲后土壤中仍有許多肥料沒有被吸收利用，小麥播種后如果底肥用量過大，很容易造成后期倒伏。施肥較多的棉田，秋季播種小麥時底肥不宜過多。
一般每生產50公斤小麥，需施純氮1．5公斤、五氧化二磷0．5～0．75公斤、氧化鉀1．5～2公斤，氮磷鉀施用比例大致為3∶1∶3。目標產量提高，施肥量相應增加。棉花收獲后播種小麥的，底肥用量占總施肥量60%～70%，以有機肥為主，配施適量化肥。每畝需施腐熟有機肥1000～1500公斤、尿素10～15公斤或碳酸氫銨25～40公斤、過磷酸鈣25公斤、氯化鉀7．5公斤。有機肥在耕翻時施入，整地前施化肥，磷鉀肥與有機肥混合施用，氮肥在整地前施用。棉田套種小麥的，氮磷鉀化肥在整地前混合施用，或直接施用氮磷鉀復合肥，肥料用量比棉花收獲后播麥的減少30%～40%。不能用碳酸氫銨作底肥，以防冬季溫度偏高時小麥提前拔節。