與施基肥和追肥相比，施用種肥的技術性強，特別是種肥的選擇很有講究，稍有不當極易損害種子，影響生根發芽，從而延誤季節，造成損失。在種肥選用上，有以下“五忌”：
一是忌用腐蝕性肥料
碳酸氫銨、氨水等，具有揮發性和腐蝕性，易熏傷種子和幼苗；過磷酸鈣含有游離態的硫酸和磷酸，會對種子發芽和幼苗生長造成傷害，一般不宜當種肥。這類肥料要在翻耕時施入，或施在播種溝下層，不與種子直接接觸，或與土雜肥混合施用。
二是忌用具有毒害作用的肥料
尿素在溶解發揮肥效過程中常會生成少量的縮二酸，縮二酸的含量若超過20%，對種子和幼苗會產生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入種子的蛋白質分子中，會使蛋白質變性，對種子發芽和幼根產生毒害。所以，尿素不宜當種肥。
三是忌用含氯的肥料
氯化鉀、氯化銨等化肥含有氯離子，施入土壤后會產生水溶性氯化物，對種子發芽和幼苗生長不利，甚至燒種燒苗；硝酸銨、硝酸鉀等肥料含有硝酸根離子，對種子發芽有毒害作用。
四是忌用強堿性肥料
忌用強堿性肥料。強堿性肥料有窯灰鉀肥、鋼渣磷肥等。窯灰鉀肥含鈣較多，吸水性強，吸水后形成熟石灰，放出大量熱量，易燒壞種子和幼根。作種肥時，必須與高于10倍的有機肥料充分混合，施入播種溝（穴）下層，勿與種子直接接觸，并注意播種后及時覆土。
五是忌用未經腐熟的人畜糞
人畜糞等農家肥要經過堆漚高溫發酵，充分腐熟后方可用作種肥。未經腐熟的生糞作種肥，因在發酵過程中會釋放大量熱能，不僅極易造成燒根，而且釋放氨氣還會灼傷幼苗。