肥料在沒有進入土壤被作物吸收利用前，怕潮濕的天氣，破壞掉他們的養分，因此在陰雨天要存好肥料，以防影響到肥料的肥效。
一般情況下，化肥儲存有三種方式：倉庫堆存、貨棚堆存和露地堆放。
在多雨季節，一般應以倉庫堆存為主。庫內既要通風降溫，又要干燥防雨防潮。肥料在倉庫內的儲存方法有大堆儲存和袋裝儲存兩種方法。對于吸濕性比較強的氮肥品種如硝酸銨，要采用袋存，避免大堆儲存。其他品種的氮肥和磷、鉀肥料，大堆儲存的時間也不能過長，到了雨季，一般都要求袋裝。包裝要用雙層袋，內襯塑料袋外包編織袋。無論是大堆散存還是袋裝存放，為了避免結塊，都要減輕儲存壓力，控制散堆與包堆的高度，如25~40公斤的大袋存放，以20袋一堆為適中高度。
選擇貨棚儲存的方法在雨季要格外小心，貨棚的地點要選擇地勢高、干燥、通風的地方，棚頂防雨。
在多雨季節，露地堆放是不允許的。即使臨時堆放也必須選擇地勢高、干燥、通風的地方，而且采取加蓋苫布防雨等措施。專家提示：吸濕性是化肥結塊的禍根；高溫多雨季節化肥儲存的關鍵是防潮。