肥料如果得到了合理的使用不僅可以幫助農作物茁壯成長，而且還可以防治病害，真是一舉兩得。相反的是如果使用不當則會造成農作物代謝失調，從而導致病蟲害的發生。可見合理的使用肥料是多么的重要！
施用氮素過多會引起作物的葉色深綠，大部分碳水化合物用于氮的同化，使纖維素、木質素的合成減少，植物徒長細軟，抗倒伏能力弱，且因體內有較多的可溶性氮積累而使農作物易感病害。
氮肥過多，使小麥葉片中酚含量相應減少，抗病能力也相應減弱，易感銹病。棉田施用過多氮肥，棉株高大，葉色濃綠，易引起棉鈴蟲的集中產卵，導致受害嚴重，同時也加重了棉花枯萎、黃萎病的發生趨勢。高水肥旺長的棉田，蔭蔽導致通風透光差、濕度大，棉花鈴病和棉花角斑病發生嚴重。研究發現，棉花隨著施氮量的增加，葉片內全氮含量也隨著增加，從而提高了棉花紅蜘蛛的氮素營養，形成在高氮葉片上生活的棉紅蜘蛛種群發育快，生育早、產卵多、危害重。
合理地搭配使用氮、磷、鉀大量元素肥，適量增施硼、鋅、鎂、鈣、硫、鉬、錳等元素，可促進農作物的生理代謝，增強植物的抗逆性，減輕病蟲寄存器的發生。如磷可促進農作物根系發育，硼、錳可減少棉花黃萎、枯萎病的發生，增加產量。在缺鉀土壤中施用適量鉀肥，一般都能減輕真菌和細菌病害，對害蟲害螨也有一定的防治效果。
在農作物病害中，還包括一系列的缺素癥。如水稻缺鉀時葉片常發生褐斑病；棉花缺硼時，癥見“蕾而不花”，甚至蕾少、易脫落、苗期無頭；油菜缺硼時表現出“花而不實”癥；玉米缺鋅表現“白芽病”，水稻缺鋅的“矮縮病”等。
合理施肥可直擊目標，不僅能防治多種生理性病害（缺素癥），還能減輕侵染性病害。