無論干濕雞糞，未經發酵都容易引發大棚蔬菜、果園等經濟作物毀滅性災難，給種植戶造成巨大的經濟損失。
大棚蔬菜、果園使用雞糞極易造成的五大災害：
1、燒根，燒苗，熏棵，死株
使用發酵不的雞糞后，將手插入土壤，會感土壤覺溫度較高。嚴重的成片或者滿棚死亡，貽誤農時，損失工費和種苗投資。
尤其是冬春施用雞糞隱患，因為此時大棚內溫度高，雞糞發酵會散發大量熱量，導致燒根現象；果園冬春兩季使用雞糞，正值根系休眠前后，一旦燒根，將影響養分積累和來年開花結果。
2、鹽化棚內土壤，果實不開個
連年使用雞糞，土壤中存留大量的氯化鈉鹽，平均每6方雞糞含鹽分30-40公斤，而每畝地含10公斤鹽分已經嚴重制約土壤通透性和活性，固化磷肥、鉀肥、鈣鎂鋅鐵硼錳等重要元素，出現植株生長異常，花蕾稀落，果實不開個等減產現象，顯著制約了作物產量和質量的提高。
因此造成了肥料利用率直線下降，一年不如一年，增加了投入成本50-100%；
3、酸化土壤，誘發各種根際病害和病毒病害
由于雞糞pH值約在4左右，屬于極酸性，會酸化土壤，致使莖基部和根部組織遭受化學創傷和嚴重破壞，給雞糞攜帶的大量病毒病菌、土傳性帶病細菌、病毒提供了入口和侵染機會，在濕度和溫度一旦達到就會爆發病害。
使用發酵不雞糞，極易造成植株萎蔫，黃枯，萎縮不長，無花無果，甚至死亡；病毒病，疫病，莖基腐病，根腐病，青枯病成為使用雞糞明顯的后遺癥；
4、滋生根結線蟲
雞糞是根結線蟲的宿營地和溫床，自身攜帶根結線蟲卵的數量為每1000克100個，雞糞中的線蟲卵極易孵化，一夜之間倍增數萬，土壤中的線蟲在有雞糞的地塊發生率提高500%倍以上。
線蟲對化學藥劑有極為敏感的趨避性，施藥后線蟲會迅速轉移到地下50公分-1.5米的深處躲避，所以很難根治。尤其對于3年以上老棚，根結線蟲是致命的隱患之一。
5、帶入，影響農產品
雞飼養過程中，飼料中國含有大量激素，防治病害也會使用，這些都會通過雞糞帶入土壤，影響從農產品。