菌肥是一種比較特殊的肥料，它是經科學配方、組合加工研制而成的，因為它特殊的成份，我們在田地里使用時要特別注意。
因地制宜對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不撒施菌肥，用噴霧的方法效果更明顯。因溫制宜高溫、低溫、干旱條件下的農田不宜施用菌肥。施用菌肥的溫度是２５－３７℃，低于５℃或高于４５℃時施用效果較差。土壤含水量在６０－７０％之間時，菌肥的肥效較好。因混制宜不應將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）以及稻草灰等混用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。如果一定要用上述藥、肥，可先施菌肥，隔４８小時后，再打藥除草。將菌肥用于拌種時，切忌將拌有菌肥的種子與已拌有殺菌劑的種子混合使用。此外，應防止將菌肥與未腐熟的農家肥混用。因量制宜對于多年施用化肥的田塊，施用生物菌肥時不能大量減施化肥和有機肥。因為農作物會對化肥產生依賴性，用生物菌肥取代氮肥，農作物一下子不能適應。菌肥的取代量應做到、第二和第三年分別取代氮肥的３０％、４０％和６０％。磷、鉀肥只能補足，不能減少。因時制宜生物菌肥不是肥，在作物的營養臨界期和營養大量吸收期前７－１０天施用，效果。