一忌與堿性肥料混施或同時施用
尿素施后須轉化成氨態氮才會產生肥效，而氨態氮在堿性條件下，大部分氮素會變成氨氣揮發掉，所以尿素不能與石灰、草木灰、鈣鎂磷肥等堿性肥料混施或同時施用。一般來說，夏秋季節，尿素與堿性肥料應錯開3～4天施用，冬春季應錯開7～8天。
二忌作拌種肥
尿素在生產過程中，常產生少量的縮二脲，當縮二脲含量超過2％時就會對種子和幼苗產生毒害，這樣的尿素進入種子和幼苗中，會使蛋白質變性，影響種子發芽和幼苗生長，故不宜作種肥。若必須作為種肥施用，要避免種、肥接觸，并控制用量。
三忌施后立即灌水
尿素屬酰胺態氮肥，它要轉化成氨態氮才能被作物根系吸收利用，轉化過程因土質、水分和溫度等條件不同，時間有長有短，一般在經過2～10天才能完成，若施后馬上灌排水或旱地在大雨前施用，尿素就會溶解在水中而流失。一般夏秋季節應在施后2～3天才能灌水，冬春季節應在施后7～8天后澆灌水。
四忌地表撒施
尿素撒施在地表，常溫下要經過4～5天的轉化才能被利用，大部分氮素容易在氨化過程中揮發掉，一般實際利用率只有30％左右，如果在堿性土壤和有機質含量高的土壤中撒施，氮素的損失會更快更多。而且尿素淺施，易被雜草消耗。尿素深施，融肥于土，使肥料處于濕潤的土層中，有利于肥效的發揮。作追肥應穴施于苗旁或溝施在苗側，深度應在10～375px左右。這樣，尿素集中在根系密集層，便于作物吸收利用。試驗證明，深施比淺施能提高尿素的利用率10%～30%。
五忌用量過大
尿素含氮量高，施用量不宜過大，以免造成不必要的浪費和“肥害”。一般每畝施用5～15公斤，水田每畝施15～20公斤。施用過多，在轉變為碳銨前不能被土壤吸收，容易被雨水淋失，且易傷害作物。同時尿素施得過多，大部分被流失，進入地下水，將會導致水體的氮素污染，造成亞硝酸鹽的沉積，嚴重影響人畜。
六忌高濃度葉面噴施
在所有氮肥里面，尿素是理想的葉面肥。噴施尿素，作物合成蛋白質的數量和速度都超過其他氮肥。但是，葉面噴施時切忌尿素溶液濃度過大，否則會燒壞葉片，也會毒害植株。通常對玉米、水稻等噴施的濃度以2%為宜；蔬菜、瓜類以0.5%～1.5%為宜。
七忌施用過遲
施用尿素過晚，不利于肥效的發揮，易造成作物貪青晚熟，故一般應比其他氮肥早4天～7天施用。
八忌單一施用
尿素的有效成分是氮素，養分單一，而作物生長發育需要多種營養成分。因此，尿素應和有機肥及磷、鉀肥等配合施用，以滿足農作物對各種養分的需要。而且尿素與有機肥及化肥合理混施，還能有效提高其利用率。如尿素與過磷酸鈣混合施用，可以使不穩定的碳酸氫銨轉變為穩定的磷酸銨，這樣氮的自然揮發就大大減少。尿素與有機肥料混合施用，在發酵過程中產生有機酸，也可加速尿素的轉化與分解，迅速被作物吸收，提高尿素的利用率。
九忌施于芹菜上
芹菜整個生長期間需追施大量的氮素肥料，但不可施尿素。因為追施尿素會使芹菜纖維增多變粗，植株老化，生長緩慢，且食用時帶苦味，品質低劣。芹菜適宜施碳銨、氨水和腐熟的有機肥料，以利于提高品質。
尿素的正確使用方法
1.平衡施肥
尿素是純氮素化肥，不含作物生長必需的大量元素中的磷、鉀，因此，做追肥時應在測土化驗的基礎上，采用配方施肥技術，平衡施入氮、磷、鉀肥。先把作物全生育期所需的全部磷、鉀肥和部分（30%左右）氮肥結合整地底施。再把剩下70%左右的氮肥（可以用尿素）作為追肥施入，其中作物的需肥臨界期、效率期追施60%左右，后期追施10%左右。只有氮、磷、鉀3種肥料合理配合、科學施入，才能使追施尿素的利用率提高。
2.適期追施
每種作物對氮、磷、鉀的吸收都有一個特定的臨界期（即作物對某種元素吸收特別敏感的時期）。此期缺肥（氮、磷、鉀），作物的產量降低，品質下降，影響巨大，即使以后再施入充足的肥料，對作物產量、品質的影響也無法逆轉。除此之外，還有一個效率期，即此期施肥作物可獲得較高的產量，作物對肥料的利用效率。由以上分析可見，只有在作物的營養臨界期和效率期追肥，才能提高肥料的利用率，使作物達到高產、優質。
尿素做追肥時，應在作物的需氮臨界期、效率期之前1周追施。不同的作物其需肥臨界期、效率期不同，應區別對待，合理施用。比如小麥、玉米等禾本科作物的需氮臨界期在分蘗期、穗分化期，棉花在蕾鈴期等。氮效率期小麥在拔節至孕穗期，水稻在分蘗至拔節期，玉米在大喇叭口期，番茄在結果期，白菜在蓮座期，向日葵在花蕾期，大豆在初花期等。
3.適時追肥
尿素為酰胺態肥料，需要轉化為碳酸銨被土壤膠體吸附，進而被作物吸收，這一過程需要6～7天，此間尿素首先被土壤中的水分溶化，后緩慢轉化成為碳酸銨，因此，尿素做追肥施用時，應在作物的需氮臨界期和肥料效率期前1周左右施入，不可過早或過遲。
4.深施覆土
施用方法不當極易造成尿素隨水流失、氨氣揮發等氮素損失現象，浪費肥料，耗費人工，還極大地降低了尿素的利用率。
正確的施用方法是：在玉米、小麥、番茄、白菜等作物上施用，應在距離作物20厘米處，挖15～20厘米深的穴，將肥料施入后用土蓋嚴，在土壤不是太干旱的情況下7天后澆水。當土壤干旱嚴重確需澆水時，應小水輕澆1次，不可大水漫灌，以防尿素隨水流失。在水稻上施用時，應采用撒施，施后保持土壤濕潤，7天內不能灌水，待肥料充分溶化被土壤吸附后，可澆1次小水，而后再晾曬5～6天。
5.葉面噴施
尿素易溶于水，擴散性強，易被葉片吸收，對葉片損傷較小，適合做根外追肥，可結合作物病蟲害防治進行葉面噴施。但做根外追肥時，應選擇縮二脲含量不超過2%的尿素，以防損傷葉片。根外追肥的濃度因作物不同而有差別。噴施時間宜在下午4時后，此時蒸騰量小，葉面氣孔逐漸張開，有利于作物對尿素水溶液的充分吸收。