有機肥肥分受損的原因有很多種，有的是儲藏的原因、有的是使用過后經過自然災害的原因，自然問題我們無法改變們那就從我們能夠人為改變的方面來降低有機肥肥分的減少。
1、防氣體揮發造成的養分損失：主要是指在腐熟過程中有機肥中的氮會轉化成氨氣，造成揮發損失。像雞糞、人糞尿，在腐熟過程中若不加覆蓋，氮素損失非常嚴重。所以在腐熟的時候一定要用無破損的塑料薄膜覆蓋嚴密。并且堆積腐熟時間切不可過長，腐熟完畢后盡快使用。
2、防隨水滲漏的養分損失：像稻殼糞、鴨糞、牛糞等，有的老百姓為了容易腐熟往往在堆成堆后往上面澆水。但是底下沒做好防滲漏的措施致使營養元素就會隨著澆上去的水流失了。所以無論是用糞坑還是在平地上腐熟，下面一定要鋪設塑料薄膜阻擋養分隨水滲漏。灑水一定要適量。
3、防化學反應造成的養分損失：人糞尿和草木灰就是個例子。現在仍有不少的菜農為了防止人糞尿引來蒼蠅或發出異味就在人糞尿里倒上些草木灰。草木灰是含有大量碳酸鉀的，pH值顯堿性；而人糞尿屬酸性有機肥，所以二者相遇，酸堿中和，養分大量損失。因此，在積肥造肥工作中，應做到人糞尿和草木灰分開來，各自單積、單存、單用，切忌將草木灰倒入有機肥中，同時還要防止草木灰被雨水淋失。
另外，在有機肥堆制腐熟時加入適量的過磷酸鈣可起到保持肥效的作用。