菌肥亦稱生物肥、生物肥料、細菌肥料等，但大多數人習慣叫菌肥。確切地說，生物肥料是菌而不是肥，它含有大量的微生物，在土壤中通過微生物的生命活動，改善作物的營養條件，菌肥對于果樹卻有著至關重要的作用。
果樹體內外都存在許多微生物，其中不少是有益的，可通過篩選應用有益微生物為果樹的生長發育、提高質量、增進抗性奠定良好基礎。
菌肥的主要作用有：
一、改變根量，由細菌產生的IAA、GA、CTK使植物次生根增殖，增加有效根量。
二、軟化細胞壁，細菌產生的半聚糖醛酸轉化酶（PATA）可軟化根系細胞壁，從而促進營養吸收。
三、產生轉鐵產物，細菌產生的轉鐵產物可聚合或螯合土壤鐵，使之成為對果樹更有效的物質。
四、增加磷的有效性，細菌分泌出增加石灰性土壤中磷有效性的酸性物和螯合物。
五、阻止病害，細菌改變根際環境，從而抑制根系病原體的競爭力。
菌肥看似是很簡單的肥料，但是它對果樹的影響卻不是微不足道的，所以一定要充分運用好菌肥，實現果樹的優質高產。