雞糞有機肥在農村的施用量比較高，雞糞有機肥的特殊作用是依靠具有特殊功能微生物菌種的“特殊功能”來實現的，而這種特殊功能主要表現在以下幾個方面：
一、促進植物生長作用
主要是通過雞糞有機肥的功能菌在植物根部定植、生活并發揮作用。這種作用是通過功能菌產生促進植物生長的物質體現的，有別于在干雞糞料中添加激素的作用。有些生產廠家為了讓農民看到效果，在產品中加入一定量的激素，這是不科學的，通過前幾期南農大講堂中設計的試驗方法可以辨別。
二、提高植物防病抗病能力，也就是生物防治作用
這類菌種作用于病原菌的方式主要有三種：
1、拮抗作用：產生拮抗物質直接抑制病原菌生長。
2、競爭作用：從營養吸收利用等方面抑制病原菌生長，一般情況下這種菌種生長速度很快。
3、寄生作用。以病原菌為寄生，直接寄生在病原菌身上導致病原死亡。
注：這三種抗病防病作用方式常常是交叉的。
三、提高肥料利用率
在目前雞糞有機肥市場中被宣傳得較多，主要有固氮、解鉀、活磷等作用。固氮作用主要有三類：
1、共生固氮：以根瘤菌為主，菌種寄主有專一性，固氮能力很強，主要在豆科植物上共生固氮。但是由于這一類菌種均為革蘭氏陰性細菌，不利于保存，作為產品進行貨架銷售比較困難，所以一般是拿到菌種即拌種使用。
2、自生固氮作用：菌種在田間表現為不固氮或固氮能力很小。
3、聯合固氮：菌種相對專一，能力較強，但目前研究和推廣應用的比較少，因此，須謹防產品包裝上夸大固氮能力。
四、保水抗旱、土壤修復、降解農藥等功能
對這類干雞糞功能的宣傳比較少，主要因為經銷商和農民對這方面功能的關注度比較低，生產商通過宣傳這類功能來吸引消費者的可能性較小，所以市場上不多見。