烏梅、銀杏、枸杞、山茱萸、吳茱萸、無花果等果實類多年生藥用植物，以果實為收獲對象，結果經濟年限為20～50年，因此，為在生產中獲得穩產高產，就必須及時地施肥--用一定數量和質量的肥料，以補充土壤養分的不足，滿足植株生長發育的需要。藥用果樹施肥有土壤施肥和根外施肥兩種，給果樹施肥應注意以下幾點：
營養元素的搭配
藥用果樹生長所需的營養元素有十多種，施肥時可以參照當地果園的施肥方法或經過田間試驗后采用適當的肥料配方進行施肥。基肥以農家肥為主，輔以少許復合肥或果樹專用肥，追肥以氮肥為主，適當補充硼、鋅、錳、鐵等微量元素，以滿足樹體生長對各種營養元素的需求。混合施肥所獲得藥材的產量比單一施肥者要高。
施肥量
藥用果樹的施肥量與樹種、品種和土壤條件等有關，枸杞、山茱萸、銀杏等果樹需肥量比較大，山地和沙地等土層瘠薄或盛果期的果樹可適當多施。一般來說，以農家肥為主的基肥每株每次應不少于50kg，追施尿素時，小樹少施、大樹多施，幼樹每株每次0.2kg，成年結果樹可追施0.5kg左右。
施肥時期
基肥可在冬季結合深耕改土進行，此時施基肥，一方面可在寒冬對植株起一定的保溫作用，另一方面又可使基肥在春季植株開始吸收之前充分腐熟，并且秋末冬初植株進入休眠期，樹液停止流動，對植株根系的傷害較小。追肥以少量多次為原則，成年結果樹每年需追肥2～4次：
花前追肥藥用果樹花期正值營養分配期（以生殖器官為中心），對氮肥比較敏感，追施氮肥可以減少落花落果，提高座果率。
花后追肥幼果在迅速生長期需要氮肥，如果花前肥追施過多則可以少施或不施。
果實膨大和花芽分化期追肥花芽在果實膨大期開始分化，此次追肥既可當年產量，又可克服大小年結果的作用，為來年生產打好基礎。此次追施氮磷鉀肥比例以1：0.5：0.5為宜。
果實生長后期追肥藥用果樹經過結果后，消耗了大量營養，這次追肥尤為重要，可使樹體營養水平得到恢復，增強抗生，越冬。
施肥方法
在施肥過程中，各種方法更換進行，使肥效得到充分發揮，還可使各個方向的根系都獲得養分，從而促進樹勢生長和樹冠結實均勻：
全園施肥矮化密植的藥用果樹可將肥料直接撒布在全園范圍內，然后再翻入土壤中。這樣可以引根深入土層，促進幼樹形成強大的根系和多量的須根，加強吸肥水能力。
灌溉式施肥利用渠道或管道將肥料輸送到藥園進行灌溉施肥。
條溝施肥在果樹行間開挖一條深和寬各20～40cm的環形溝，施入基肥后覆土蓋肥防止水土流失，此法多用于幼樹冬季擴塘施肥。
穴施在樹冠外沿滴水線下挖4～8個深40cm左右的穴，施入追肥后填平。
根外追肥果樹地上部器官也能吸收養分，其中嫩梢嫩葉吸收能力強，其次為幼果、成熟葉和老枝干等，鑒于這個原理，果樹栽植常用根外追肥的辦法來彌補根際施肥的不足。作為土壤施肥的補充，利用噴霧的方法將肥料的溶液噴灑在果樹葉面上。根外追肥肥效快，用量省，主要用于“小老樹”或“老衰樹”，以搶救樹勢，恢復活力；或者由于結果過多，暫時脫肥，以加速補給養分；或者由于出現微量元素缺乏癥；或者出于保果壯果等目的。該法多用于氮肥和硼、鋅、錳、鐵等微肥的追施，其濃度為：尿素0.5%、磷酸二氫鉀0.3%～1%、過磷酸鈣浸出液1%～3%、硼砂0.05%～0.1%、硫酸鋅0.1%～0.6%、硫酸鎂2%～3%、50ppm赤霉素等。