施肥對蔬菜的污染主要有兩個途徑：一是通過肥料中所含有的有害物質，如重金屬、病原微生物、毒氣等直接對蔬菜或土壤的污染；二是通過施入大量氮素肥料造成蔬菜體內硝酸鹽的過量積累。為了減少施肥對蔬菜污染，在施肥上應注意以下幾點：
1、重施有機肥：有機肥不會導致蔬菜硝酸鹽的累積，還能提高蔬菜的品質。有機肥是經高溫堆漚或沼氣發酵腐熟后施用，這樣可殺死病菌和蟲卵，減少農藥的施用量，提高蔬菜的產量和品質。施用沼氣肥生長的蔬菜，是的無公害蔬菜。
2、不施或少施硝態氮肥：硝態氮肥及含有硝態氮的復合肥，容易使蔬菜積累硝酸鹽，所以不宜在蔬菜上使用，可選用銨態氮肥和酰銨態氮肥，如硫酸銨、碳酸氫銨、尿素等。
3、控制氮肥用量：蔬菜中硝酸鹽的累積隨氮肥施用量的增加而增加。每畝施氮量應控制在30公斤內，其中70～80％應用作基肥深施，20～30％用作苗肥深施。
4、氮肥要早施深施：氮肥作基肥或苗期追肥施用，有利于蔬菜早生快發，利于降低土壤和蔬菜體內硝酸鹽的累積。氮肥深施到10～15厘米的土層中，可減少氮素的損失，提高氮肥利用率。在深層土壤，土壤空氣處于嫌氣條件，硝化作用緩慢，可減少蔬菜對硝酸鹽的累積。
5、因地、因季節施肥：肥力高，富含有機質的土壤，蔬菜易積累硝酸鹽，應禁施或少施氮肥。低肥菜田，蔬菜積累的硝酸鹽較輕，可施氮肥和有機肥以培肥地力。一般菜地，如采取測土平衡施肥，既有利于優質高產，又使蔬菜不易積累硝酸鹽，還有利于培肥地力。夏秋季氣溫高，不利于積累硝酸鹽，可適量施氮肥。冬春季氣溫低，光照弱，硝酸鹽還原酶活性下降，容易積累硝酸鹽，應不施或少施氮肥。
6、因菜施肥：不同種類的蔬菜，吸收積累硝酸鹽的程度不同，白菜類及綠葉菜類蔬菜容易積累硝酸鹽，不能使用硝態氮肥；茄果類、果菜類和根菜類蔬菜，對硝酸鹽積累較少，可適當施用，但在收獲前15～30天應停止施用硝態氮肥。
7、葉菜類蔬菜切忌葉面噴施氮肥：氮肥作葉面肥直接與空氣接觸，銨離子易變成硝酸根離子被葉子吸收，硝酸鹽積累增加。因此，無公害葉菜類生產中應禁止葉面噴施氮肥，尤其是在收獲前1個月不能葉面噴施氮肥。
8、不用污水澆灌：污水澆灌蔬菜，易被污染。凡是工廠、礦山排出的污水，含有較多的氯、砷、錫、鉛等有毒物質，應禁止用來澆菜。城市生活污水要做化處理，殺死病菌、蟲卵后，與清水混合使用。