肥料的種類大體可分為：有機肥、無機肥、復合肥、生物肥等等，它們的詳細使用情況及注意事項如下：
一、有機肥
有機肥：主要指各種動物和植物等，經過一定時期發酵腐熟后形成的肥料（其中包括經過加工的菜籽餅，是沒有異味的）。
有機肥含有大量生物物質、動植物殘體、排泄物、生物廢物等物質、施用有機肥料不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分來源。
1、堆肥：以各類桔稈、落葉、青草、動植物殘體、人畜糞便為原料，與少量泥土混合堆積而成的一種有機肥料。
2、漚肥：漚肥所用原料與堆肥基本相同，只是在淹水條件下進行發酵而成。
3、廄肥：指豬、牛、馬、羊、雞、鴨等畜禽的糞尿與秸稈墊料堆漚制成的肥料。
4、沼氣肥：在密封的沼氣池中，有機物腐解產生沼氣后的副產物，包括沼氣液和殘渣。
5、綠肥：利用栽培或野生的綠色植物體作肥料。如豆科的綠豆、蠶豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科綠肥有黑麥草、肥田蘿卜、小葵子、滿江紅、水葫蘆、水花生等。
6、作物秸稈：農作物秸稈是重要的有機肥之一，作物秸稈含有作物所必需的營養元素有N、P、K、Ca、s等。在適宜條件下通過土壤微生物的作用，這些元素經過礦化再回到土壤中，為作物吸收利用。
7、餅肥：菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等。
8、泥肥：未經污染的河泥、塘泥、溝泥、港泥、湖泥等。
現在，隨著科學技術的不斷發展，通過有益菌群的人工純培養技術，采用科學的提煉，可以生產出多種多樣不同品種的生物有機肥，它能改善土質、減少環境污染、增肥增效等。生物有機肥將是未來農業生產用肥的主要發展趨勢。
二、無機肥：
國外發達的國家主張有機農業，普遍反對施用化肥而要求施用有機肥。理由是施用化肥會造成污染，使地力下降，加重水土流失和增加能量消耗。但施化肥對于性的果樹來說是必需的，因果樹吸收的礦質營養元素都必須是無機形態時方能為果樹利用。植物吸收這些營養元素后通過光合作用形成各種有機物，供動物和人類利用。所剩余的有機質也必須通過腐生生物分解為無機形態后，方可被果樹吸收利用。
當有機質分解形成的礦質元素和來自巖石土壤、空氣、雨水的礦質元素不能滿足果樹不斷提高單位面積產量和質量需要時，合理增施化肥是完全符合自然規律的仿生栽培措施。這種措施基礎一旦失去就會使果樹生長失調，終導致果樹減產降質。土壤板結，土壤沖刷加劇的現象，并非完全因施用化肥引起，而主要是由于使用化肥后減少或不施有機肥以及灌溉不當所造成。在有機質充分歸還土壤的前提下，即使長期施用化肥也不會因破壞土壤結構，而加劇水土流失。
三、復合肥
復合肥具有養分含量高、副成分少且物理性狀好等優點，對于平衡施肥，提高肥料利用率，促進作物的高產穩產有著十分重要的作用。但它也有一些缺點，比如它的養分比例總是固定的，而不同土壤、不同作物所需的營養元素種類、數量和比例是多樣的。因此，使用前進行測土，了解田間土壤的質地和營養狀況，另外也要注意和單元肥料配合施用，才能得到更好的效果。
隨著糧食產量的提高，土壤缺素的現象已經表現出來，現在農民開始更多地選用多元復合肥。
要與多種肥料配合使用
雖然現在大多數復合肥都必須是多元的，但仍然不能完全取代有機肥，有條件的地方應盡量增加腐熟有機肥的施用量。復合肥與有機肥配合施用，可提高肥效和養分的利用率。有機肥的施用，不僅改良土壤，活化土壤中的有益微生物，更重要的是節省能源，減輕環境的污染。使用一些生物有機肥，不但可免去傳統制作有機肥的繁瑣過程，而且可為土壤提供大量的有益微生物活化土壤養分，減少連作障礙。
某些專用復合肥雖然根據作物的需肥特點、土壤的供肥特性確定了適宜的養分配比，但也很難完全符合不同肥力水平土壤上作物實際生長的要求，因此有必要根據作物的實際生長情況、再配合使用一些單質肥。如在缺氮土壤上對需氮較多的葉菜類需使用一些氮肥，在缺鉀土壤上對需鉀較多的西瓜后期要使用一些鉀肥。
抓住復合肥的特點施用
復合肥肥效長，宜做基肥。大量試驗表明，不論是二元還是三元復合均以基施為好。這是因為復合肥中含有氮、磷、鉀等多種養分，作物前期尤其對磷、鉀極為敏感，要求磷、鉀肥要作基肥早施。控釋復合肥在生產過程中采用了包衣、造粒等工藝，肥效緩慢平穩，比單質化肥分解慢，養分淋失少，利用率高，適合于作基肥。一般畝用量為30至40千克。復合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，以防貪青徒長。
復合肥分解較慢，對播種時用復合肥做底肥的作物，應根據不同作物地需肥規律在追肥時及時補充氮肥，以滿足作物營養需要。
復合肥濃度差異較大，應注意選擇合適的濃度。目前多數復合肥是按照某一區域土壤類型平均養分善和大宗農作物需肥比例配置而成。市場上有高、中、低濃度系列復合肥，一般低濃度總養分在25%至30%之間，中濃度在30%至40%之間，高濃度在40%以上。要因地域、土壤、作物不同，選擇使用經濟、高效的復合肥。一般高濃度復合肥用在經濟作物上，品質優、殘渣少、利用率高。
復合肥濃度較高，要避免種子與肥料直接接觸，會影響出苗甚至燒苗、爛根。播種時，種子要與穴施、條施復合肥相距5到10厘米左右，切忌直接與種子同穴施，造成肥害。
復合肥配比原料不同，應注意養分成分的使用范圍。不同品牌、不同濃度復合肥所使用原料不同，生產上要根據土壤類型和作物種類選擇使用。含硝酸根的復合肥，不要在葉菜類和水田里使用，含銨離子的復合肥，不宜在鹽堿地上施用；含氯化鉀或氯離子的復合肥不要在忌氯作物或鹽堿地上使用；含硫酸鉀的復合肥，不宜在水田和酸性土壤中施用。否則，將降低肥效，甚至毒害作物。
復合肥中含有兩種或兩種以上大量元素，氨表施易揮發損失或雨水流失，磷、鉀易被土壤固定，特別是磷在土壤中移動性小，施于地表不易被作物根系吸收利用，也不利于根系深扎，遇干旱情況肥料無法溶解，肥效更差。所以復合肥的施用應盡可能避免地表撒施，應深施覆土。
四、生物肥料：
生物肥料是指一類含有大量活的微生物的特殊肥料。這類肥料施入土壤中，大量活的微生物在適宜條件下能夠積極活動：有的可在作物根的周圍大量繁殖，發揮自生固氮或聯合固氮作用；有的還可分解磷、鉀礦質元素供給作物吸收或分泌生長激素刺激作物生長。由此可見，生物肥料不是直接供給作物需要的營養物質，而是通過大量活的微生物在土壤中的積極活動來提供作物需要的營養物質或產生激素來刺激作物生長，這與其它有機肥和化肥的作用在本質上是不同的。
生物肥料的種類很多，現在推廣應用的主要有根瘤菌類肥料、固氮菌類肥料、解磷解鉀菌類肥料、抗生菌類肥料和真菌類肥料等等。這些生物肥料有的是含單一有效菌的制品，也有的是將固氮菌、解磷解鉀菌復混制成的復合型制品，目前市場上除了根瘤菌類等少數肥料制品是含單一的有效菌外，大多數制品都是復合型的生物肥料。
生物肥料能提高土壤肥力，這是它的主要作用，如各種固氮菌肥料，可以增加土壤中的氮素來源，解磷解鉀菌肥料可以將土壤中難溶性的磷、鉀溶解出來，增加土壤中磷（P）、鉀（K）元素的來源。另外，生物肥料還能促進作物的生長，改善農產品的品質。各種生物肥施入土壤中，都能產生不同的生長激素，刺激作物的生長，如“5406”放線菌生物肥，不但有拮抗病原菌防病壯菌的作用，還能分泌細胞分裂素促進作物的生長。真菌類的生物肥不僅在協助作物吸收磷、鋅及銅等礦質元素方面有很強的作用，還有增強作物的吸水、保水以提高作物抗旱能力的作用。由于生物肥料能制造和協助作物吸收利用多種營養元素，因此對農產品的品質有很大的改善，可以改變因施化肥產生的“瓜不香，果不甜，茶無味”的現狀，使農產品各項指標達到綠色食品的標準。