農(nóng)用有機硅表面活性劑對植物有一定的毒性，對生物膜破壞作用的結(jié)果。它對環(huán)境的危害方面根據(jù)現(xiàn)在的調(diào)查數(shù)據(jù)顯示，他跟一般的助劑沒有什么差別。
1，藥害
由于有機硅表面活性劑會進入介質(zhì)與組織密切接觸，氣孔滲透是藥害產(chǎn)生的一個方面。利用浸漬在表面活性劑溶液中的甜菜根組織滲透出的β-花青色素，可測試天生的細(xì)胞毒性。測試結(jié)果表明，有機硅表面活性劑的細(xì)胞毒性比脂肪胺及兩種乙氧基烷基酚類表面活性劑的細(xì)胞毒性低。
草甘膦加入脂肪胺和乙氧基醇類的表面活性劑使用時，在白茅葉表出現(xiàn)藥害癥狀;而用有機硅表面活性劑，即使有很多的沉淀物在葉上，也看不到藥害癥狀。對蠶豆和常見的藜同樣施用各種不同代號的有機硅表面活性劑，亦沒有發(fā)現(xiàn)藥害。
有機硅表面活性劑對植物是溫和的，總體上是有益的，關(guān)鍵是噴霧制劑的藥害。所以，為充分發(fā)揮有機硅表面活性劑的功效，須對農(nóng)藥制劑進行優(yōu)化。
2，危害
一般來說，有機硅表面活性劑并不比大多數(shù)農(nóng)藥有更多的危害。
毒理學(xué)資料表明，吞入有機硅也許與預(yù)計的結(jié)果完全相反。可以設(shè)想，這是由于有機硅在胃內(nèi)的酸性環(huán)境和接下來在腸道的堿性環(huán)境中迅速降解的結(jié)果。
由于有機硅表面張力極低，所以在使用有機硅表面活性劑時，應(yīng)保護好眼睛。同理，有機硅表面活性劑進入水中對魚高毒，因表面張力降低使魚鰓功能受損。有機硅滲透力強，表皮毒性高，與皮膚接觸可能有刺激性，故作業(yè)時要穿好標(biāo)準(zhǔn)防護服。由于有機硅表面活性劑有可能滲透防護服，故這方面的毒害比常規(guī)表面活性劑高。
3，環(huán)境
尚未見到有機硅表面活性劑環(huán)境研究方面的專門報道。根據(jù)對各種農(nóng)藥研究，有機硅表面活性劑在這方面與其它助劑沒有什么差異。
總之，有機硅表面活性劑代表了一類新型、高效的農(nóng)藥助劑，應(yīng)用前景十分廣闊，遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出目前所開拓的領(lǐng)域。以發(fā)展的眼光看，今后農(nóng)藥助劑用有機硅表面活性劑應(yīng)注重作用機理的探索。深入研究助劑分子與農(nóng)藥有效成分及有機體(蟲體、植物體表、菌體等)之間的相互作用，將為開發(fā)應(yīng)用新型、高效的有機硅表面活性劑提供可靠的理論依據(jù);不同的農(nóng)藥、不同的劑型對有機硅表面活性劑有不同要求，總的說來至少應(yīng)具備以下特點:對原藥不分解;能大大降低制劑表面張力;對水、酸、堿、鹽、熱穩(wěn)定;對作物無藥害。因此，須全面優(yōu)化制劑配方，以限度提高有機硅表面活性劑的功效，并減少不良影響。