尿素適于作基肥和追肥，一般不作種肥。因為高濃度的尿素會破壞蛋白質的結構，使蛋白質變質，影響種子發芽和幼苗根系生長，嚴重時會使種子失去發芽能力。尿素使化學肥料，宜用于地溫較高的土壤環境，否則會降低地溫，影響根系的生長發育。
1、秋季施用
旱地尿素秋施較春施效果好。在相同條件下，據試驗秋施可以使尿素當季利用率比春施提高10.8％以上，如果配合有機肥和其它化肥，效果更好。
2、根外追肥
尿素使酰胺態肥料，是有機物，中性，不含副成分，不易對枝葉造成灼傷；尿素分子體積小，易于透過細胞膜進入細胞，尿素本身有吸濕性，容易被葉片吸收，尿素往葉內透入時，不易引起質壁分離，即使發生也會很快恢復，所以尿素作根外追肥比其它氮素肥料好。根外噴施濃度、時間隨作物種類不同而不同。一般每畝每次用尿素0.5－2.5千克，每4－5天一次，2－3次即可。
3、深施覆土
尿素施入土壤，先經土壤微生物作用，水解為碳酸銨或碳酸氫銨，方可被作物根系吸收。碳酸銨很不穩定，在土壤中或土壤表面分解形成游離氨，易揮發損失，所以尿素也要深施覆土，覆土深度一般10厘米左右。
4、陰天或雨后施用
尿素吸濕性能好，旱地追肥盡量在雨后，以便肥料迅速溶解，被土壤吸附。而且溫度低，不易使氨揮發。同時葉可以使部分肥料通過葉片吸收，提高肥效，減少損失。
5、早晨或傍晚使用
不要在陽光直射的中午施用，否則會使碳酸銨或碳酸氫銨的分解生成氨氣，使葉部受害，引發肥害。
6、配合其他肥料施用
尿素屬于單元肥料，施用時應和磷肥或其它化肥配合使用，這樣既可以滿足作物對各種養分的需要，同時也能發揮肥料之間的協助作用。
7、尿素和有機肥配合使用
尿素和有機肥料施用時提高尿素肥效的有效措施，可以取長補短、緩急相濟；提高肥效，節約化肥；促進微生物活動，改善作物營養條件；降低生產成本，提高產量，增加收入等，從而提高肥料的利用率和經濟效益。