蓮藕是一種非常有營養的食物，它和其它蔬菜不一樣，長出的果實一直在水里，所以我們在給它施肥料時也要特別注意。
其中基肥能供給蓮藕整個生長期中所需要的養分，為其生長發育創造良好的土壤條件，并具有改良土壤、培肥地力的作用。藕田基肥的施用量應根據土壤肥力而定，一般選擇土質疏松，肥沃，有機質豐富，灌排方便的田塊，結合整地每畝施入腐熟的有機肥2500～3000公斤，通用型復合肥60～80公斤，并補施鈣、硼、鋅等微肥。
蓮藕整個生育期追肥3次。次在1～2片立葉(大約定植25～30天)時施用，結合中耕除草，每畝追施人糞尿750～1000公斤或高氮復合肥25～30公斤；第二次在5～6片立葉(約定植后40～50天，即封行時)施用，每畝追施高氮鉀復合肥30～35公斤；第三次追肥在終止葉出現時進行，這時結藕開始，即為追藕肥，每畝施高鉀型復合肥15～20公斤。淺水藕田，應選擇晴朗無風的天氣施肥，避免在烈日的中午進行，施肥前放水，淺水施肥，施肥后2天再灌水恢復水層。深水藕田，為防止肥料漂浮，應做成肥泥團施用為好。