禽畜糞便雖然是很好的有機肥料，但是不能直接在土地上施用，否則，會造成土壤滋生病菌，導致農作物的損害。以下有四點直接施用肥料 所導致的危害。
，傳染病蟲害，糞便中含有大腸菌、線蟲等病菌和害蟲，直接使用導致病蟲害的傳播、作物發病，對食用農產品的人體健康也產生影 響，未腐熟的有機物資在土壤中發酵時，容易滋生病菌與蟲害，導致植物病蟲害的發生。
第二，發酵燒苗，禽畜糞便在施用到地里之后，會具備發酵的條件，而一起燒苗。當發酵條件具備時，在微生物的作用下，生糞發酵，發 酵產生的熱量會影響作物生長，嚴重時會導致作物死亡。還有未發酵腐熟的有機肥中養分多為有機態或緩效態，不被植物直接吸收利用，只有 分解轉化成態才能被植物吸收利用
第三，肥效緩慢，未發酵腐熟的有機肥料中養分多為有機態或緩效態，不能被作物直接吸收利用，只有分解轉化成態才能被作物吸收 利用。而因為這個原因，很可能會造成作物錯過的吸收營養時期。所以，未發酵直接施用會使肥效減慢。發酵時也選專業場商的發酵 劑如寶貝肥料發酵劑。
第四，環境污染，農作物施肥高峰時糞便還可以處理掉。施肥淡季，糞便無人問津，只好任意堆積，風吹雨淋，肥分流失，污染環境。
綜合上述，禽畜糞便不能直接做肥料施用，我們要對這些肥料經過加工處理，使得肥料中的病菌都消除完畢，這樣在對農作物進行施加，土地 才能更加優質，農作物也能更好的吸收養分。