生物肥料，有兩種理解，一種是通過微生物生命活動，使農作物得到特定的肥料效應的制品，也被稱之為接種劑或菌肥，它本身不含營養元素，不能代替化肥。另一理解是既含有作物所需的營養元素，又含有微生物的制品，是生物、有機、無機的結合體它可以代替化肥，提供農作物生長發育所需的各類營養元素。現多用來改善土壤、防治細菌、害蟲等。
要想提高生物肥料的使用效果，必須注意以下6點：
一是了解生物肥料的生產日期、使用量、用法等有關資料，在有效期期內施用。貯存時要避光、通風、干燥。
二是要了解微生物的作用，適用作物用及施用技術，如根瘤菌用于豆科作物共生固氮，豆科作物不同品種又有不同的根瘤菌肥。
三是提倡“早、近、勻”的施用技術，即施用時間要“早”，一般作基肥、種肥與苗肥施用；施入地點離作物根系要“近”；種子與苗肥要拌“勻”。
四是提倡與有機肥混施，可以提高施用效果。
五是避免陽光長時間直射，施后及時覆土。
六是不宜與化肥、殺菌劑農藥混用，以免影響肥效。