要想棚室中的蔬菜免于病害，就要從使用肥料做起。
不施用未腐熟的有機肥料。此類有機肥料沒有經(jīng)過腐熟階段，施入土壤后，腐熟過程中能產(chǎn)生一些有害的中間產(chǎn)物，如有機酸類等，這些物質(zhì)積累到一定程度能使種子中的蛋白質(zhì)變性，致使種子出苗不齊，出現(xiàn)燒苗現(xiàn)象。所以有機肥料要經(jīng)過充分的腐熟過程，可以殺死其中的致病菌和蟲卵。
施肥量不能過大。大棚蔬菜往往施肥量過大，尤其是化肥或性有機肥一次用量過高，易引起肥害，表現(xiàn)為作物根系吸水困難，僵苗不發(fā)，葉片畸形，嚴重時作物逐漸萎蔫而枯死。解決的方法是平衡施肥。由于大棚相對密封，施入化肥不易淋失，肥效較高，宜多次少量酌情施肥。根據(jù)蔬菜產(chǎn)量、土壤肥力、不同肥料元素利用率等確定適宜施肥量，以進行平衡施肥。
采用正確施肥方法。生產(chǎn)中碳銨施用方法不當尤為突出。碳銨俗稱氣肥，施入土壤后，會很快分解轉(zhuǎn)化為氨和二氧化碳。氨對蔬菜葉片具有毒性，其在空氣中的濃度達到一定程度后，首先致使靠近地面的蔬菜葉片出現(xiàn)氨中毒而變黃脫落；濃度更高者，造成整個棚子植株葉片脫落，蔬菜絕收。所以碳銨宜深施，防止揮發(fā)造成浪費，防止造成蔬菜氨氣中毒。
施肥要平衡。氮磷用量偏高，鉀肥用量不足。氮肥過剩，分解后產(chǎn)生銨離子過多時，影響作物對鉀、鈣、鎂的吸收，造成養(yǎng)分吸收不平衡，作物生長受到危害。同時，氮肥用量過大，很容易造成蔬菜體內(nèi)硝酸鹽積累，使得蔬菜品質(zhì)下降，產(chǎn)投比降低。鉀肥用量少，植物抗逆性差，病蟲害嚴重。是氮、磷、鉀肥配合施用，充分發(fā)揮交互作用，減少生理病害。特別是減少氮肥、磷肥的施用，提高鉀肥的投入，提高蔬菜品質(zhì)。
無機、有機肥要搭配。有機肥投放量偏低，有的菜農(nóng)只在離村莊近或運輸方便的菜田施少量有機肥，遠的田塊不施，這樣不利于培養(yǎng)高產(chǎn)菜田，也不利于培養(yǎng)出高品質(zhì)的蔬菜產(chǎn)品和持續(xù)發(fā)展。所以要增施有機肥，有機肥不僅養(yǎng)分含量全面，能提供蔬菜生長發(fā)育所需的大量及中、微量元素，還能改良土壤理化性狀，改善土壤的水、肥、氣、熱條件，增強保肥、保水能力，促進蔬菜正常的營養(yǎng)生長。
重視補充中微量元素。中微量元素肥料是蔬菜生長必不可少的，對微量元素尤其敏感，多則有害，少則生長不良。僅靠施有機肥來補充養(yǎng)分，致使土壤中的中、微量元素隨著棚齡增加呈減少趨勢，使得施肥養(yǎng)分比例失調(diào)，從而誘發(fā)各種病害，如芹菜莖裂病、番茄臍腐病等。