超級稻使用肥料時一定要特別注意，下面就是超級稻用肥的精髓所在：
秧田期施肥：秧田期施肥應以秧苗不披葉為基準，提高秧苗葉片的含氮量。應適當增加基肥用量。水稻4葉1心期開始分蘗，在2葉1心期施氮肥，確保4葉1心葉片含氮量達到4%左右。在移栽前4天，應施起身肥，促進新根發生，使拔秧時傷苗輕，栽后返青快。
本田期施肥：超級稻組合在本田期生長約120天，應該考慮植株在生育進程中對氮、磷、鉀的需求動態。按目標產量每畝750公斤計算，每畝需吸收純氮約11公斤，五氧化二磷約3公斤，氧化鉀約11.5公斤。水稻施肥應根據土壤供肥情況，補充水稻對肥料的需求。一般需施純氮12―13公斤，氧化鉀12～14公斤，五氧化二磷5～6公斤。折合標準尿素26.1～28.3公斤、過磷酸鈣41.6～50公斤、氯化鉀20～23.3公斤。
一般說來，超級稻基肥畝施6.5公斤純氮，占總氮肥量的50%。基肥施用量為50公斤餅肥或15～20擔有機肥，加尿素10公斤、過磷酸鈣30公斤、氯化鉀10公斤。栽后5～6天，施分蘗肥。具體每畝施20公斤復合肥加3～4公斤尿素，每畝施氯化鉀10公斤。穗肥可在倒2葉出生過程中施用，這次施肥應結合氣候和水稻長相畝施10公斤左右復合肥。如水稻長相較健壯，葉片挺直，長短適宜，陽光充足，可適當多施。如水稻生長較旺，葉片過長，陰雨天氣，可少施或不施。