在測土配方施肥中，測定肥料使用量的方法主要有：養分豐缺指標法、養分平衡法和肥料效應函數法等。不管是什么方法，只要通過田間試驗和生產實踐證明是合理和可行的，就都是好方法。
養分豐缺指標法：其原理是通過田間試驗和土壤測試，按相對產量，將土壤肥力劃分成不同等級。例如，將相對產量低于50%、50%～75%、75%～95%、大于95%的某土壤養分肥力水平，分別定為極低、低、中、高等不同等級，再根據各級別土壤的該養分測試值與施肥量的對應關系估算施肥量。如，某冬小麥施肥前取土測得土壤有效磷含量為20（Pmg/kg），查閱養分測試值、土壤肥力和施肥量關系表格得知，該養分水平屬于中肥力，對畝產400公斤以上產量，對應的施磷（P2O5）量約為5公斤。將該養分施用量除以肥料養分含量，就可以算得肥料施用量。由此得到5公斤磷養分相當于每畝施30～35公斤過磷酸鈣，或11公斤磷酸二銨。該方法的優點是簡便、直觀，缺點是半定量，精度不高。
目標產量法：又稱養分平衡法。根據作物在生產中的養分收支平衡關系，將一季作物達到目標產量所吸收的養分量減去土壤供應的養分量，就得到了要施用的養分量。在計算公式中，除了養分測定值外，還包含目標產量、肥料利用率、土壤養分供應量等參數。其中目標產量以當地前3年平均產量再提高10%～15%來估算，但其他參數則需要通過田間試驗等方法求得。我國幅員遼闊，各地施肥的具體條件差異很大，其參數也不盡相同，因此對施肥量的估算要因地制宜。
肥料效應函數法：就是在田間肥料試驗的基礎上，通過回歸分析，建立肥料效應方程，用以表示施肥量與產量的關系并計算施肥量。該方法的優點是可以推求產量和經濟效益的施肥量即施肥量；但田間試驗條件下，很難獲得可以計算合理施用肥料的理性試驗結果。