要想防治番茄芽枯病，首先要知道發生原因是什么，需要使用不同的微肥來進行防治。
一般情況下，番茄發生芽枯病的原因主要有兩點，一是夏秋茬保護地番茄在夏未秋初由于中午通風不良，造成棚內35至40度以上的高溫；二是番茄栽培過程中氮肥施用過多；三是在多肥條件下，高溫干燥會影響植株對硼肥的吸收，造成植株缺硼。
防治方法：首先要實行配方施肥技術，并適當增加硼、鋅等微肥的施用；其次番茄定植后要加強通風，防止35度以上的棚內高溫，有條件的可用遮陽網覆蓋塑料薄膜；另外定植后還要適當蹲苗，控制穗果膨大前的肥水供應，穗正常坐果。還有就是在病害易發的月份，應用濃度為0.1%至0.2%的硼砂溶液，對植株進行葉面噴灑，每隔7至10天一次，連噴2至3次即可。